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高务实之所以自认为他在兵部一阵捣鼓之后，经世实学改革便已经进入到了新的阶段，也是有原因的，其中最主要的原因就是随着京营被分为禁卫军和生产建设兵团，五军都督府的性质出现了变化，甚至在某种程度上可以说，是连朱元璋定下的“军籍”制度都被他悄悄动摇了。
众所周知，大明军民分籍。所谓军民分籍，就是把老百姓分为两种。一种是“军”：每家世世代代要有一个人当兵或军官。另一种是“民”：世世代代均免除兵役，除非是自愿投军的。
朝廷的户籍因此也有两套，一套是军户，一套是民户。
这是来元璋所手创的奇特制度，总的来说综合了汉的屯田、唐的府兵，与宋的尺籍。朱元璋本人很以此种军民分籍自豪。他说：“朕养兵百万，不费国家一钱。”
朱元璋早在占有和州之时，就开始试行军士屯田：拿下了南京及其外围以后，更是十分注意于此。他的军队，从不缺乏粮饷，因此才能做到对人民秋毫无犯，到哪里都受欢迎。
洪武元年，天下事已经大定，他开始考虑如何于胜利以后，安顿庞大数量的军官与兵士。
裁减，编遣，复员，都不是好办法。
裁谁？不裁谁？编谁？遣谁？复员，复到哪里去？复到农村，农村吃不消；“退伍军人”无田，无牛，无农具，无种子，也复不进农村！真要去了，那全都是地方上的不稳定因素。
于是，朱元璋想出了这个军民分籍的办法，不仅安顿了兵士，酬庸了军官，而且替他自己与他的子孙保存了庞大的军事力量，也就是替大明帝国维持了长治久安的国防军。
当时朱元璋的办法大体是这样的：兵士，每人赏官田五十亩。条件是当兵到老(六十岁)；老了或死了以后，由儿子孙子一代一代地继承下去。每代只须有长子一人服役，次子以下作为“余丁”，也就是补缺的兵。不过这五十亩田也要纳税(称做粮)，每亩二斗四升，但并不运到中枢朝廷或地方官府，而是集中储藏起来，预留为可能出现战事时的军粮军饷。
军官，每人封一个“世官”：最高的是指挥使，管一个卫，其次有“千户”、“百户”，管千户所与百户所，最小的是镇抚，有资格管一个总旗或小旗。千户有正有副，百户之下有所谓“试百户”。指挥使与正千户之间，有所谓指挥同知、指挥佥事、卫镇抚。
总而言之一共分作九等。
至于大军官有大功劳的，封为指挥使不够，那便封国公、封侯、封伯、封子、封男。这五等封爵，不属于“卫所体系”以内(后来不封子、男两级了)。
卫所的军官与兵士，分别居住于指定的地区以内，遍于全国。而全国的卫所，在洪武十三年的时候，共有四百九十三个卫，卫之下各有若干千户所、百户所。独立的干户所有三百五十九个。
此外，属于羁縻性质的边境卫所，也有四百多个。“世官”的总数，在洪武二十三年，有一万六千五百名左右。“世兵”的总数，有一百二十万名左右。
当时大明全国的总人口，依照洪武二十六年的统计，是六千零五十四万五千八百一十二人(注：不确定这个数据的“人口”是不是仅指丁口)。
军籍单独开列于民籍之外(其实还有匠籍，属工部管理)，这为“大都督府-五军都督府”前期的强势打下了坚实的基础。
大都督府的往事，限于篇幅关系，这里就不说了，单说五军都督府。五府的设立，始于洪武十三年。朱元璋以大都督府事权太重，将大都督府一分为五。“十三年，改大都督府为中左右前后五军都督府，分领在京各卫所及在外各都司卫所。”
虽然五府的设置目的是为了分化兵权，但这仅仅是对于军事系统内部的调整，而且朝廷五府所掌管的仍然是一支实力雄厚，能征善战的卫所军队，其在权力基础上与大都督府时期并没有改变，所以五府还是继承了大都督府的一些权力，只是具体到高级将领们手头的权力，则相应地被分化了一些。
但五府分权并没有彻底打消朱元璋对于军权过重的顾虑。用于分治兵权的办法，除了五府五军相制这种武臣互制之外，最主要的便是利用文官系统中的兵部去制衡五府。
其实，早在中书省和大都督府尚未废除之时，这种相制之法就己开始实施。当时，命中书省兵部定给武官诰敕之制。在程序方面不但需要由大都督府将武官资料转交兵部，又考功监察对其资格审査，再移交翰林院撰文，司文监校勘，中书舍人书写然后在交由承敕、考功二监等等，一系列繁杂的文移手续之后，兵部才能给予升授。整个过程当中，兵部和大都督府都不可以专擅武官的选用。
最重要的是，兵部设立之后有奉旨调兵之权而无统兵权，五府有统兵之权而无权调兵，“凡军制内外相维，武官不得辄下符朝廷征发”。遇有战事发生，由皇帝命将为帅，兵部奉旨调兵，调五府所掌辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。
在这样的模式下，最大限度朝廷的避免了武将专权的可能性，也
使得文武相制的原则在国家制度朝廷层面上确定下来。
总体说来，五府在洪武年间还是具有一定的权势和地位，由于五府堂上官皆由公侯伯推选，掌握五府机构运转的主要官员均为武臣，所以五府在一定程度上来说，即为武臣势力在中枢的代表。
五府代表着武臣在国家当中所占有的地位，其品级高于六部，拥有参政权，可以统辖当时大明的主要军事力量，这也为朱元璋所认可，并定以为制。
然而，在众所周知的大肆杀戮功臣之后，五府的力量大为削弱。比如在胡惟庸之狱中被诛杀的延安侯唐胜宗，平凉侯费聚和吉安侯陆仲亨，就曾任大都督府同知、佥事。以及在蓝玉党案中被诛杀的蓝玉本人，以及鹤寿侯张翼、舶胪侯朱寿、定远侯王弼，都曾就任大都督府高级长官(同知、佥事)。
因此也可以说，朱元璋对武臣大加杀戮，背后原因之一就是对于五府军权的掌控。
再然后，到了英宗土木之变，随着张辅之死，五府的势力在朝廷中枢几乎被一扫而空。而与此同时，中枢之中由文官所掌握的兵部从于谦设置团营起，重要性开始出现飞跃，就更加使得五府的地位一蹶不振。这两点本书前文有述，就不多说了。
但是，五府的衰落绝不仅仅只是由于其首脑人物被打压或者战死，其中还有更加深刻的内在因素，而这个内在因素才是眼下高务实关注的重点。
内在因素是什么？是卫所的衰落，是军户的逃亡、不堪一战。
按照高务实的理解，明代的以文制武政策固然在很大程度上限制和削弱了五府的地位和权力，但是对于五府为代表的卫所军事体系来说，只能算是一种相对的外部作用，而其在内部的因素亦有深刻影响。
明初，“五府—都司—卫所”建立起来的卫所军制，在洪武至正统时期承担了最主要的军事职能，自朱元璋着手统一战争开始，至正统年间的屡次军事行动，无不由卫所军队为主力进行。
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